Ziel des EIT wird es sein, die Innovationskapazität der Mitgliedstaaten zu steigern und damit einen Beitrag zu nachhaltigem Wirtschaftswachstum in Europa zu leisten. Dazu sollen Bereiche des „Wissensdreiecks“ (Bildung, Forschung und Innovation) auf höchstem Niveau in den sogenannten „Wissens- und Innovationsgemeinschaften" (Knowledge and Innovation Communities, KICs) integriert werden.

Bislang waren die exzellenten Köpfe sowohl in der Bildung als auch in der Forschung oftmals isoliert von der Wirtschaft; im EIT können die Akteure des Wissensdreiecks zukünftig zusammengeführt und damit große Lücken in der Zusammenarbeit zwischen Wissenschaft und Wirtschaft geschlossen werden. Dadurch wird es möglich sein, Ergebnisse aus Wissenschaft und Forschung direkt in kommerzielle Innovationsideen zu überführen. Der Weg von der Idee zum marktfähigen Produkt wird damit erheblich verkürzt.

Die Aktivitäten des EIT werden durch einen Verwaltungsrat koordiniert, der auch das strategische Management des Instituts sichert. Er nimmt außerdem die Auswahl der KICs auf einer strategischen Basis vor. Der Verwaltungsrat hat außerdem eine "Strategic Innovation Agenda" (SIA) vorgeschlagen, die auf einen Zeitraum von sieben Jahren angelegt ist und in der sowohl die langfristigen prioritären Bereiche des EIT als auch eine Schätzung des Finanzbedarfs des EIT festgelegt sind. Vorsitzender des Verwaltungsrates ist seit September 2011 Dr. Alexander von Gabain.

Die Finanzausstattung für die Durchführung aller Maßnahmen des EIT wurde für den Zeitraum bis zum 31. Dezember 2013 auf 308,7 Millionen Euro festgesetzt. Den KICs stehen hiervon im gleichen Zeitraum ca. 260 Millionen Euro zur Verfügung. Der Gemeinschaftsanteil des EIT-Haushalts beläuft sich auf 25 %, die übrigen 75 % sollen durch anderweitige Beiträge (Industrie, Stiftungen etc.)

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